La préfecture de région (secrétariat général pour les affaires régionales) apporte un soutien aux actions de coopération décentralisée des collectivités locales.

Elle peut leur apporter un financement sur les crédits déconcentrés de coopération décentralisée du ministère des affaires étrangères, dont une partie est inscrite au contrat de plan Etat-Région. Les décisions de financement sont prises, après avis des ambassades de France dans les pays concernés et après consultation de la commission régionale de coopération décentralisée.

La préfecture de région contribue à apporter un soutien technique aux ONG à travers le réseau d'appui RESACOOP.

Le secrétariat général pour les affaires régionales assure le secrétariat de la commission régionale de coopération décentralisée, qui est coprésidée par le préfet et le président du conseil régional et qui rassemble les principaux acteurs de la coopération décentralisée.