Le Département de l'Ain est un acteur de la coopération transfrontalière franco-suisse débuté en 1970 par la création du Comité Régional Franco-Genevois (CRFG).
En 2006, cette coopération a donné lieu à un projet de construction et d'exploitation d'une galerie souteraine de transport des eaux usées qui relie les réseaux d'assainissement français et suisse. Un autre objectif du projet est de remplacer deux stations d'épuration devenues obsolètes pour le basser Gessien. Ce projet fait partie du programme européen INTERREG.